Profiles
学歴, 学位, 職歴, 所属学会(5), 受賞歴(9), 資格(1)
Interest
共発現の利用, 共発現の整備
Publications
公開データベース(3), 学術論文(33), 総説(2), Editorial(5), 国際会議論文(6), 書籍(6), 和文解説(6)
Presentations
招待講演(4), 一般口頭発表(3), ポスター発表(9), 国内招待講演(22)
Social
学会活動(5), 論文雑誌編集(5), 講習会(17)
Educational
教育活動, アウトリーチ(3)
Budgets
研究費(12)

Profiles

学歴

  • 1975年5月 横浜生まれ
  • 1991年4月 神奈川県立希望ヶ丘高等学校
  • 1994年4月 東京工業大学 生命理工学部
  • 1997年4月 東京工業大学 大学院生命理工学研究科 バイオサイエンス専攻 修士課程
  • 1999年4月 東京工業大学 大学院生命理工学研究科 バイオサイエンス専攻 博士課程

学位

  • 博士(理学)2004年3月26日 東京工業大学
  • 論文題目:「Transcriptome analyses for characteristics of organs and regulation of photomorphogenesis in Arabidopsis thaliana(シロイヌナズナを形成する各組織の特性および光形態形成の制御機構のトランスクリプトーム解析)
  • 論文審査員:高宮建一郎,岡田典弘,太田啓之,太田元規,久堀徹

職歴

  • 2004年4月 東京工業大学 大学院生命理工学研究科 研究員
  • 2005年4月 千葉大学 大学院薬学研究院 研究員
  • 2006年4月 東京大学 医科学研究所ヒトゲノム解析センター 研究員
  • 2009年10月 東北大学 大学院情報科学研究科 研究員
  • 2009年12月 東北大学 大学院情報科学研究科 助教
  • 2012年4月 東北大学 大学院情報科学研究科 准教授

所属学会 (5)

  • 日本バイオインフォマティクス学会
  • 日本植物生理学会
  • 情報処理学会
  • 人工知能学会
  • International Society for Computational Biology

受賞歴 (9)

  1. 第5回生命医薬情報学連合大会 ポスター賞 Impact of evolutionary age on gene coexpression network architecture. Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi and Kengo Kinoshita
  2. 平成27年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞 「遺伝子発現量データに基づく遺伝子機能の網羅的予測法の研究」 大林武
  3. 2014年度船井学術賞 「遺伝子発現量データに基づく遺伝子機能予測手法の開発と大規模実装」 大林武
  4. 2014年度日本植物生理学会奨励賞 「遺伝子共発現法に基づく遺伝子機能推定プラットフォームの開発」 大林武
  5. Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize, 2013 「遺伝子共発現法を用いた遺伝子機能予測プラットフォームの開発」 大林武
  6. DBCLSオープン・サイエンス・アワード データベース部門 審査員特別賞, 2013 COXPRESdb / ATTED-II 大林武
  7. Most cited paper award 2013 Takeshi Obayashi and Kengo Kinoshita (2010) Coexpression landscape in ATTED-II: usage of gene list and gene network for various types of pathways. J. Plant Res. 123: 311–319 Obayashi T, Kinoshita K
  8. 第19回加齢研集談会発表コンテスト最優秀発表賞, 2011 大林武
  9. 第6回日本植物学会賞特別賞(技術), 2009 「シロイヌナズナ遺伝子発現に関する汎用性の高いデータベースの構築」 大林武

資格 (1)

  1. 第一種放射線取扱主任者(試験合格、講習会未受講)(東京, 2008.10)

Interest

遺伝子共発現の利用

  • 共発現の進化(機能の階層的モジュール構造の進化)
  • 共発現と組織(組織特異的共発現,組織横断的共発現)
  • 共発現の個体差
  • 他の遺伝子間関係の予測(PPI,制御関係)

遺伝子共発現の整備

  • 導出
    • 共発現指標の開発
    • トランスクリプトームからの導出(サンプル構造,トランスクリプトームデータの評価)
    • ゲノムからの予測
    • 複数の共発現情報の統合
  • 評価
    • 評価指標の開発
    • 階層的評価(プラットフォーム,ガイド遺伝子,個々の共発現ペア)
    • 信頼性の予測
  • データベース化
    • データベースの構築と運用
    • ツール開発

Publications

公開データベース (3)

  • 植物の遺伝子共発現データベース ATTED-II; 2004年11月より公開 Access log
  • 動物の遺伝子共発現データベース COXPRESdb 2007年1月より公開 Access log
  • 微細藻類の遺伝子共発現データベース ALCOdb 2014年12月より公開

学術論文 (33)

  1. Hozumi A, Bera S, Fujiwara D, Obayashi T, Yokoyama R, Nishitani K, Aoki K. Arabinogalactan proteins accumulate in the cell walls of searching hyphae of the stem parasitic plants, Cuscuta campestris and Cuscuta japonica. Plant Cell Physiology, in press PubMed
  2. Yasuka L Yamaguchi, Reira Suzuki, Javier Cabrera, Satoru Nakagami, Tomomi Sagara, Chika Ejima, Ryosuke Sano, Yuichi Aoki, Rocio Olmo Lopez, Tetsuya Kurata, Takeshi Obayashi, Taku Demura, Takashi Ishida, Carolina Escobar, Shinichiro Sawa. Root-knot and cyst nematodes activate procambium-associated genes in Arabidopsis roots. Frontiers in Plant Science, 8: 1195 (2017) PubMed
  3. Narise T, Sakurai N, Obayashi T, Ohta H, Shibata D. Co-expressed Pathways DataBase for Tomato: a database to predict pathways relevant to a query gene. BMC Genomics, 18, 437 (2017) PubMed
  4. Takagi M, Sakamoto T, Suzuki R, Nemoto K, Obayashi T, Matsunaga TM, Hirakawa T, Kurihara D, Nariai Y, Urano T, Sawasaki T, Matsunaga S. Plant Aurora kinases interact with and phosphorylate transcription factors. J Plant Res, 129, 1165-78 (2016) PubMed WoS PDF
  5. Aoki Y, Okamura Y, Ohta H, Kinoshita K, Obayashi T. ALCOdb: Gene Coexpression Database for Microalgae. Plant Cell Physiology, 57, e3 (2016) PubMed WoS PDF
  6. Aoki Y*, Okamura Y*(*Co-First), Tadaka S, Kinoshita K, Obayashi T. ATTED-II in 2016: a plant coexpression database towards lineage-specific coexpression. Plant Cell Physiology, 57, e5 (2016) PubMed WoS PDF
  7. Okamura Y, Obayashi T, Kinoshita K. Comparison of gene coexpression profiles and construction of conserved gene networks to find functional modules. PLoS One, 10, e0132039 (2015) PubMed WoS PDF
  8. Okamura Y*, Aoki Y*, Obayashi T*(*Co-First), Tadaka S, Ito S, Narise T, Kinoshita K. COXPRESdb in 2015: coexpression database for animal species by DNA-microarray and RNAseq-based expression data with multiple quality assessment systems. Nucleic Acids Res, 43, D82-6 (2015) PubMed WoS PDF
  9. Obayashi T, Okamura Y, Ito S, Tadaka S, Aoki Y, Shirota M, Kinoshita K. ATTED-II in 2014: Evaluation of Gene Coexpression in Agriculturally Important Plants. Plant Cell Physiology, 55, e6 (2014) PubMed WoS PDF
  10. Hagiwara K, Obayashi T, Sakayori N, Yamanishi E, Hayashi R, Osumi N, Nakazawa T, Nishida K. Molecular and cellular features of murine craniofacial and trunk neural crest cells as stem cell-like cells. PLoS One, 20, e84072 (2014) PubMed WoS PDF
  11. Sasaki-Sekimoto Y, Jikumaru Y, Obayashi T, Saito H, Masuda S, Kamiya Y, Ohta H, Shirasu K. bHLH transcription factors JA-ASSOCIATED MYC2-LIKE 1, JAM2 and JAM3 are negative regulators of jasmonate responses in Arabidopsis. Plant Physiology, 163, 291-304 (2013) PubMed WoS PDF
  12. Kikkawa T, Obayashi T, Takahashi M, Fukuzaki-Dohi U, Numayama-Tsuruta K, Osumi N. Dmrta1 regulates proneural gene expression downstream of Pax6 in the mammalian telencephalon. Genes Cells, 18, 536-49 (2013) PubMed WoS PDF
  13. Obayashi T, Okamura Y, Ito S, Tadaka S, Motoike IN, Kinoshita K. COXPRESdb: a database of comparative gene coexpression networks of eleven species for mammals. Nucleic Acids Res, 41, 1014-20 (2013) PubMed WoS PDF
  14. Sato N, Suzuki N, Sasaki A, Aizawa E, Obayashi T, Kanazawa M, Mizuno T, Kano M, Aoki M, Fukudo S. Corticotropin-releasing hormone receptor 1 gene variants in irritable bowel syndrome. PLoS One, 7, e45450 (2012) PubMed WoS PDF
  15. Kobayashi K, Obayashi T, Masuda T Role of the G-box element in regulation of chlorophyll biosynthesis in Arabidopsis roots. Plant Signaling and Behavior, 7, 922-6 (2012) PubMed PDF
  16. Kobayashi K, Baba S, Obayashi T, Sata M, Toyooka K, Keraenen M, Aro EM, Fukaki H, Ohta H, Sugimoto K, Masuda T Regulation of root greening by light and auxin/cytokinin signaling in Arabidopsis. Plant Cell, 24, 1081-95 (2012) PubMed WoS PDF
  17. Obayashi T, Nishida K, Kasahara K, Kinoshita K ATTED-II updates: condition-specific gene coexpression to extend coexpression analyses and applications to a broad range of flowering plants. Plant Cell Physiol, 52, 213-9 (2011) PubMed WoS PDF
  18. Obayashi T, Kinoshita K COXPRESdb: a database to compare gene coexpression in seven model animals. Nucleic Acids Res, 39, D1016-22 (2011) PubMed WoS PDF
  19. Shimada H, Obayashi T, Takahashi N, Matsui M, Sakamoto A Normalization using numbers of genomic DNA copy and ploidy reveals the numbers of transcripts, proteins and metabolites in cells. Plant Methods, 6, 29 (2010) PubMed WoS PDF
  20. Obayashi T, Kinoshita K Rank of correlation coefficient as a comparable measure for biological significance of gene coexpression. DNA Research, 16, 249-60 (2009) PubMed WoS PDF
  21. Kinoshita K, Obayashi T Multi-dimensional correlations for gene coexpression and application to the large-scale data of Arabidopsis. Bioinformatics, 25, 2677-84 (2009) PubMed WoS PDF
  22. Obayashi T, Hayashi S, Saeki M, Ohta H, Kinoshita K. ATTED-II provides coexpressed gene networks for Arabidopsis. Nucleic Acids Res, 37, D987-91 (2009) PubMed WoS PDF
  23. Takabayashi A, Ishikawa N, Obayashi T, Ishida S, Obokata J, Endo T, Sato F. Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches. Plant J, 57, 207-19 (2009) PubMed WoS PDF
  24. Obayashi T, Hayashi S, Shibaoka M, Saeki M, Ohta H, Kinoshita K. COXPRESdb: a database of coexpressed gene networks in mammals. Nucleic Acids Res, 36, D77-82 (2008) PubMed WoS PDF
  25. Obayashi T, Kinoshita K, Nakai K, Shibaoka M, Hayashi S, Saeki M, Shibata D, Saito K, Ohta H. ATTED-II: a database of co-expressed genes and cis elements for identifying co-regulated gene groups in Arabidopsis. Nucleic Acids Res, 35, D863-9 (2007) PubMed WoS PDF
  26. Hirai MY, Sugiyama K, Sawada Y, Tohge T, Obayashi T, Suzuki A, Araki R, Sakurai N, Suzuki H, Aoki K, Goda H, Nishizawa OI, Shibata D, Saito K. Omics-based identification of Arabidopsis Myb transcription factors regulating aliphatic glucosinolate biosynthesis. Proc Natl Acad Sci U S A, 104, 6478-83 (2007) PubMed WoS PDF
  27. Horton P, Park KJ, Obayashi T, Fujita N, Harada H, Adams-Collier CJ, Nakai K. WoLF PSORT: protein localization predictor. Nucleic Acids Res, 35, W585-7 (2007) PubMed WoS PDF
  28. Noji M, Goulart Kawashima C, Obayashi T, Saito K. In silico assessment of gene function involved in cysteine biosynthesis in Arabidopsis: expression analysis of multiple isoforms of serine acetyltransferase. Amino Acids, 30, 163-71 (2006) PubMed WoS PDF
  29. Taki N, Sasaki-Sekimoto Y, Obayashi T, Kikuta A, Kobayashi K, Ainai T, Yagi K, Sakurai N, Suzuki H, Masuda T, Takamiya K, Shibata D, Kobayashi Y, Ohta H. 12-oxo-phytodienoic acid triggers expression of a distinct set of genes and plays a role in wound-induced gene expression in Arabidopsis. Plant Phys., 139, 1268-1283 (2005) PubMed WoS PDF
  30. Sasaki-Sekimoto Y, Taki N, Obayashi T, Aono M, Matsumoto F, Sakurai N, Suzuki H, Hirai MY, Noji M, Saito K, Masuda T, Takamiya K, Shibata D, Ohta H. Coordinated activation of metabolic pathways for antioxidants and defence compounds by jasmonates and their roles in stress tolerance in Arabidopsis. The Plant Journal, 44, 653-668. (2005) PubMed WoS PDF
  31. Matsumoto F, Obayashi T, Sasaki-Sekimoto Y, Ohta H, Takamiya K, Masuda T. Gene expression profiling of the tetrapyrrole metabolic pathway in Arabidopsis thaliana with a mini-array system. Plant Physiol., 135, 2379-2391. (2004) PubMed WoS PDF
  32. Obayashi T, Okegawa T, Sasaki-Sekimoto Y, Shimada H, Masuda T, Asamizu E, Nakamura Y, Shibata D, Tabata S, Takamiya K, Ohta H. Distinctive Features of Plant Organs Characterized by Global Analysis of Gene Expression in Arabidopsis. DNA res., 11, 11-25 (2004) PubMed WoS PDF
  33. Nishimura K, Shimada H, Shinmen T, Obayashi T, Masuda T, Ohta H, Takamiya K. Photosynthetic regulatory gene cluster in an aerobic photosynthetic bacterium, Roseobacter denitrificans. J. Gen. Appl. Microbiol., 45, 129-134 (1999) PubMed WoS PDF

総説 (2)

  1. Obayashi T, Kinoshita K. Coexpression landscape in ATTED-II: usage of gene list and gene network for various types of pathways. J. Plant Research, 123, 311-9 (2010) PubMed WoS PDF
  2. Usadel B*, Obayashi T*(*Co-First), Mutwil M, Giorgi FM, Bassel GW, Tanimoto M, Chow A, Steinhauser D, Persson S, Provart NJ. Coexpression Tools for Plant Biology: Opportunities for Hypothesis Generation and Caveats. Plant Cell and Environment, 32, 1633-51 (2009) PubMed PDF WoS F1000

Editorial (5)

  1. Ohyanagi H, Obayashi T, Yano K. Plant and Cell Physiology's 2017 Database Issue. Plant Cell Physiol, 58, 1-3 (2017)
  2. Ohyanagi H, Obayashi T, Yano K. Plant and Cell Physiology's 2016 Online Database Issue. Plant Cell Physiol, 57, 1-3 (2016) PubMed WoS PDF
  3. Ohyanagi H, Obayashi T, Yano K. Plant and Cell Physiology's 2015 Database Issue. Plant Cell Physiol, 56, 4-6 (2015) PubMed WoS PDF
  4. Obayashi T, Yano K. Plant and Cell Physiology 2014 Online Database Issue. Plant Cell Physiol, 55, 1-2 (2014) PubMed WoS PDF
  5. Obayashi T, Yano K. The 2013 Plant and Cell Physiology Database Issue. Plant Cell Physiol, 54, 169-170 (2013) PubMed WoS PDF

国際会議論文 (6)

  1. Obayashi T, Kengo Kinoshita Partial ROC reveals superiority of mutual rank of Pearsons's correlation coefficient as a coexpression measure to elucidate functional association of genes. Quantum Bio-Informatics V, World Scientific, p229-236 (2011) ISBN:978-9814460026, invited
  2. Hatanaka Y, Nagasaki M, Yamaguchi R, Obayashi T, Numata K, Fujita A, Shimamura T, Tamada Y, Imoto S, Kinoshita K, Nakai K, Miyano S. A novel strategy to search conserved transcription factor binding sites among coexpressing genes in human. Genome Informatics, 20, 212-21 (2008) 査読付き PubMed PDF
  3. Ohta H, Obayashi T. Application of large-scale mRNA expression data sets for comprehensive analysis of plant hormone signaling. Quantum Bio-Informatics, World Scientific, p381-p388 (2007) invited PDF
  4. Horton P, Park KJ, Obayashi T, Nakai K. Protein Subcellular Localization Prediction with WoLF PSORT. Proc 4th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2006), 39-48, Imperial College Press. (2006) 査読付き PDF
  5. Sasaki-Sekimoto Y, Obayashi T, Matsuumi M, Kobayashi Y, Asamizu E, Shibata D, Nakamura Y, Masuda T, Shimada H, Takamiya K, Tabata S, Ohta H. Monitoring of 12-oxo-phytodienoic acid (OPDA)-induced expression changes in Arabidopsis by cDNA macroarray. Advanced Research of Plant Lipids, Klumer Academic Publishers, p335-p338 (2003) 査読なし
  6. Obayashi T, Shimada H, Nishimura K, Masuda T, Ohta H, Takamiya K. Properties of orf5-disrupted and -overexpressed Rhodobacter sphaeroides mutants. Photosynthesis: Mechanisms and Effents, p2893-p2896, Kluwer Acdemic Publishers (1998) 査読なし

書籍 (6)

  1. 大林武,竹本和弘,櫻井望 6章「オーミクス解析」 「バイオインフォマティクス入門」日本バイオインフォマティクス学会編集, 慶應義塾大学出版会 ISBN:978-4766422511 Amazon
  2. 大林武 「遺伝子発現データベースの利用と応用の最前線」 実験医学2011年9月増刊号「使えるデータベース・ウェブツール」有田正則編, 羊土社 ISBN:978-4758103176 Amazon
  3. 大林武 第10章「遺伝子共発現データベースATTED-II: 共にはたらく遺伝子を探そう」(大林武),第11章「生態学者のためのDNAマイクロアレイ入門」(永野淳,大林武) 「ゲノムが拓く生態学」永野惇編, 文一総合出版 ISBN:978-4829910870 Amazon
  4. Kengo Kinoshita, Takeshi Obayashi Chapter 11: "Function Prediction of Genes: From Molecular Function to Cellular Function" "Protein function prediction for omics era", Edited by Daisuke Kihara (Purdue Univ, USA), Springer Verlag ISBN:978-9400708808 Amazon
  5. 大林武,木下賢吾 「COXPRESdb: 共発現データに基づいた機能関連遺伝子の探索」 実験医学MOOK「トランスポートソーム - 生体膜輸送機構の全体像に迫る - 基礎,臨床,創薬応用研究の最新結果」金井好克編, メディカルドウ ISBN:978-4944157495 Amazon
  6. 大林武,木下賢吾 「共発現データベースCOXPRESの構築と利用法」 「生体膜トランスポートソームの分子構築と生理機能:領域ニュースレターTransportsome総集」金井好克編 ISBN:978-4902665109

和文解説 (6)

  1. 大林武、木下賢吾 「公共の遺伝子発現データの二次利用」 Surgery Frontier (2012), 19, p89-95 ISSN:1340-5594
  2. 大林武、木下賢吾 「共発現情報から見る遺伝子機能ネットワーク」 化学と生物 [KASEAA] (2011), 49, p48-56 雑誌コード:02451
  3. 大林武、木下賢吾 「共発現データベースCOXPRESの構築と利用法」 Transportsome (2007), 4, p16-20 PDF
  4. 山崎真巳、大林武 「発現情報から遺伝子機能を推定する」 Plant Organelles News Letter (2006), 4, p10-16 PDF
  5. 大林武、関本(佐々木)結子、太田啓之 33Pを用いた遺伝子発現の網羅的解析」 IsotopeNews (2003), 589, p16-18 ISSN:02855518
  6. 関本結子、大林武、太田啓之 「DNAアレイ(DNAチップ)法を用いた遺伝子発現解析」 化学装置 (2003), 4月号, p32-35 雑誌コード:02445

Presentations

招待講演 (4)

  1. Obayashi T "ATTED-II: a coexpression database to analyze multiple condition-specific gene coexpressions for a broad range of plants." Official seminar of Institure of Plant and Microbioal Biology, Academia Sinica (Academia Sinica, 2012.08.17)
  2. Obayashi T "How to measure the similarity of gene expression patterns to identify gene function" QBIC2011 Bio-Informatics Workshop (Tokyo university of science, 2011.03.11)
  3. Obayashi T. "ATTED-II" 19th International Conference on Arabidopsis Research. Workshop "Advanced Bioinformatic Resources for Arabidopsis" (Montreal, Canada, 2008.07.23-27)
  4. Ohta H, Obayashi T "Application of large-scale mRNA expression data sets for comprehensive analysis of plant hormone signaling" QBIC2007 Bio-Informatics Workshop (Tokyo university of science, 2007.03.17)

一般口頭発表 (3)

  1. Obayashi T, Kinoshita K "Rank of Correlation Coefficient as a Comparable Measure for Biological Significance of Gene Coexpression" Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology 2010 (Tainan, Taiwan, 2010.03.10-12)
  2. Obayashi T "ATTED-II: a database of co-expressed genes and cis elements for identifying co-regulated gene groups in Arabidopsis" Joint workshop: Profiling technologies and bioinformatics (Max Planck Golm, German, 2007.04.23-27)
  3. Obayashi T "ATTED-II: a database of co-expressed genes and cis elements for identifying co-regulated gene groups in Arabidopsis" ESF-JSPS Follow-up Workshop on Functional Genomics - From the Bench to Bioinformatics (Shonan Village Center, Japan, 2006.03.07-10)

ポスター発表 (9)

  1. Obayashi T, Ito S, Aoki Y Okamura Y, Tadaka S, Kinoshita K "Codon-usage is a universal assessment measure of gene coexpression" 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (Boston, 2014.07.13-15)
  2. Obayashi T, Kinoshita K "COXPRESdb: a gene coexpression database for 7 animal species" 4th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (Singapore, 2010.12.01-03)
  3. Obayashi T, Kinoshita K "COXPRESdb: A database of coexpressed gene networks for human, mouse and rat" International congress of physiological sciences (Kyoto, 2009.07.27-01)
  4. Obayashi T, Hayashi S, Saeki M, Ohta H, Kinoshita K "Preparation and usage of gene coexpression data" 19th International Conference on Arabidopsis Research (Montreal, Canada, 2008.07.23-27)
  5. Obayashi T, Kinoshita K "COXPRES: a database of co-expressed gene networks for human and mouse" Cold Spring Harbor Laboratory meeting: The Biology of Genomes (Cold Spring Harbor Laboratory, U.S.A., 2007.05.08-12)
  6. Obayashi T, Nakai K, Sasaki–Sekimoto Y, Taki N, Kikuta A, Sakurai N, Suzuki H, Takemiya K, Saito K, Shibata D, Ohta H "Comprehensive Prediction of Organ–Specific mRNA Expression Pattern of Arabidopsis genes from 200–bp Promoter Sequences" 8th International meeting of the microarray gene expression data society (Bergen, Norway, 2005.09.11-13)
  7. Obayashi T, Nakai K, Sasaki-Sekimoto Y, Taki N, Kikuta A, Okegawa T, Sakurai N, Suzuki H, Tabata S, Takamiya K, Shibata D, Ohta H "Global Analysis of Organ-Specific Gene Expression and Prediction of cis Elements using DNA Array in Arabidopsis" 7th International meeting of the microarray gene expression data society (Toronto, Canada, 2004.09.08-10)
  8. Obayashi T, Okegawa T, Sasaki-Sekimoto Y, Shimada H, Masuda T, Asamizu E, Nakamura Y, Shibata D, Tabata S, Takamiya K, Ohta H. "Distinct Features of Plant Tissues Characterized by Global Analysis of Gene Expression in Arabidopsis" 6th International meeting of the microarray gene expression data society (Aix-En-Provence, France, 2003.09.03-05)
  9. Obayashi T, Okegawa T, Sasaki-Sekimoto Y, Shimada H, Masuda T, Asamizu E, Nakamura Y, Shibata D, Tabata S, Takamiya K, Ohta H. "Distinct Features of Plant Tissues Characterized by Global Analysis of Gene Expression in Arabidopsis" 7th International Congress of Plant Molecular Biology (Barcelona, Spain, 2003.06.23-28)

国内招待講演 (22)

  1. 大林武 「ゲノムデータを用いた生物個体識別と表現型推定」 電子情報通信学会 バイオメトリクス研究会 (東北大学, 2016.08.19)
  2. 大林武,岡野悠太郎,成瀬孝史,青木裕一,岡村容伸,田高周,木下賢吾 「遺伝子共発現に基づくパラログ遺伝子群の機能多様性の予測」 第56回日本植物生理学会年会:シンポジウム「植物細胞壁の形成と維持のダイナミズム」 (東京農業大学, 2015.03.16)
  3. 大林武 「遺伝子共発現に基づく遺伝子機能推定プラットフォームの開発」 第21回日本植物生理学会奨励賞受賞講演 (富山大学, 2014.03.19)
  4. 大林武 「ゲノムに基づく遺伝子共発現」 第30回資源植物科学シンポジウム・第6回植物ストレス科学研究シンポジウム (倉敷市芸文館アイシアター, 2014.03.06)
  5. 大林武 「サイエンスとエンジニアリングが織りなす遺伝子共発現」 生命情報科学若手の会 第5回研究会 (東京大学 検見川セミナーハウス, 2014.02.18)
  6. 大林武 「植物のデータベース」 第121回アグリバイオインフォマティクスセミナー (東京大学, 2013.10.23)
  7. 大林武 「遺伝子共発現が織りなすテクノロジーとサイエンス」 明日の植物科学を探るーゲノムから細胞機能の統合を目指してー (NAIST, 2012.10.06)
  8. 大林武 「遺伝子共発現とシス配列の関係」 第三回アグリバイオインフォマティクス研究会 「モチーフ解析最前線」 (東京大学農学部二号館二階第一講義室, 2012.10.03)
  9. 大林武 「公共のマイクロアレイデータに基づく遺伝子ネットワーク解析」 広島大学数理分子生命理学専攻第4回シンポジウム『数理生命化学の新展開―階層間で干渉しあう形・動き・機能―』 (広島大学理学部E棟, 2012.09.07)
  10. 大林武 「遺伝子共発現で探す有用遺伝子」 生物工学若手研究者の集い 夏のセミナー 2012 (モンタナリゾート岩沼, 2012.07.01)
  11. 大林武 「生命情報データベースの行方」 東北大学情報科学研究科シンポジウム: 実世界ビッグデータへの情報科学の挑戦 (東北大学萩ホール, 2012.04.26)
  12. Takeshi Obayashi "Gene coexpression analysis to explore real gene network" 18th Marine Genomics Seminar (OIST, 2011.09.03)
  13. 大林武 「遺伝子共発現データベースATTED-II, COXPRESdbを利用した遺伝子機能推定法」 静岡大学 第1回GRLバイオサイエンスセミナー:遺伝子発現解析におけるバイオインフォマティクス (静岡大学, 2009.04.17)
  14. 大林武 「遺伝子共発現データベースATTED-IIを用いた機能モジュールの探索」 第40回種生物学シンポジウム:遺伝子レベルからみた適応進化〜生態学と機能ゲノミクスの接点を探る (デュープレックスセミナーホテル、茨城, 2008.12.07)
  15. 木下賢吾、大林武 「ヒト・マウス遺伝子の共発現データベースCOXPRESdb」 特定領域研究公開シンポジウム:生体膜トランスポートソームの分子機構と生理機構 (東京大学, 2008.03.22)
  16. 大林武 「遺伝子共発現データの整備と利用」 第49回日本植物生理学会年会シンポジウム:データベースの中に築く生物像 ―生命現象を読み解くためのデータベースとWeb リソース― (札幌コンベンションセンター, 2008.03.20)
  17. 大林武 「共発現データベースATTED-IIのネットワーク描画機能」 シロイヌナズナワークショップ2007 (理化学研究所横浜研究所交流棟ホール, 2007.12.10)
  18. 大林武 「遺伝子共発現データの利用」 ワークショップ:オミックスワールドの全貌 〜ゲノミクスからメタボロミクスまで〜 (奈良先端技術大学院大学, 2007.09.27)
  19. 大林武 「共発現遺伝子データベースの構築と相互作用予測への応用」 第3回インターゲノミクスセミナー:in vivoとin silicoから迫る植物の"相互作用" (神戸大学, 2006.12.11)
  20. 大林武 「ATTEDを用いたターゲット遺伝子の絞込み」 特定領域研究「植物の環境適応戦略としてのオルガネラ分化」第1回若手シンポジウム (淡路島東浦サンパーク, 2005.10.26)
  21. 大林武、桶川高史、佐々木結子、太田啓之 「cDNAマクロアレイを用いた組織特異的発現データベース(ATTED)の構築」 植物DNAアレイワークショップ:使いこなすための植物DNAアレイ技術 (かずさアカデミアホール, Mar. 2003.03.24)
  22. 大林武、佐々木結子、堀越真喜子、太田啓之 「cDNAマクロアレイのデータの分布とその特性」 ワークショップ:植物DNAアレイの作成と利用 (かずさアカデミアホール, 2001.08.09)

Social

学会活動 (4)

  • 日本植物生理学会
    • 学会運営
      • 広報幹事 (2017-2018)
      • 広報委員 (2012-2015)
      • HPリニューアルWG委員 (2014-2015)
    • 年会運営
      • 夏の高校生シンポジウム組織委員 (2012.08)
      • 第52回日本植物生理学会年会 実行委員(会場) (2011.03)
      • 年会サテライト「植物バイオインフォマティクス研究会」世話人 (2011.03)
      • 年会シンポジウム「データベース講習会」オーガナイザー (2010.03, 2011.03)
  • 情報処理学会
    • バイオ情報学研究会・運営委員(2017~2018年度)
  • 日本バイオインフォマティクス学会
    • 学会運営
      • 理事・評議員 (2010~2011年度, 2013~2016年度)
      • 会計幹事 (2015~2016年度)
    • 年会運営
      • 年会実行委員 (広報委員長) (2014年)
      • 年会プログラム委員 (2011年)
      • 年会ポスター賞選考委員 (2010~2011年)
    • バイオインフォマティクス技術者認定試験
      • 実行委員 (平成24~26年度)
      • 試験問題作成協力者 (平成21~23年度)
    • 東北地域部会幹事
  • 生命情報科学若手の会
    • 発起人
    • スタッフ (2009~2012年度)
    • バイオサイエンスバー 世話人 (2010.09.03 渋谷)
    • 沖縄セミナー 世話人 (2011.09.01-04 沖縄)
  • 日本分子生物学会
    • 2013年年会 公開プレゼンテーション実行委員

論文雑誌編集 (5)

  1. Editorial board, Plant and Cell Physiology (2011-2018)
  2. Editorial board, Journal of Plant Research (2014-2017)
  3. Editorial board, IPSJ Transactions on Bioinformatics (2014-2017)
  4. Invited Editor, "Database issue" Plant and Cell Physiology (2011, 2013-2017)
  5. Invited Editor, Special Issue "Plant Biotechnology for Production of Industrial Materials" Plant Biotechnology (2009)

講習会 (17)

  1. 大林武 「共発現データベースCOXPRESdb」 創薬研究におけるバイオデータベース講習会 (産総研・臨海副都心センター バイオIT融合研究棟8階 CBRCセミナー室, 2013.12.12)
  2. 大林武 「共発現データベースCOXPRESdb」 創薬研究のためのデータベース講習会 (東北大学医学部4号館, 2012.11.03)
  3. 大林武 「R初心者のためのマイクロアレイ解析ことはじめ」 Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会 (理化学研究所横浜研究所, 2012.02.22)
  4. 大林武 「共発現データベースCOXPRESdb」 HGCスパコンWebサービス利用法講習会 (東京大学医科学研究所, 2011.10.25)
  5. 大林武 「共発現データベースCOXPRESdb」 Webサービス利用法講習会 (東京大学医科学研究所, 2010.08.05)
  6. 大林武 「共発現データベースCOXPRESdb」 Webサービス利用法講習会 (東京大学医科学研究所, 2009.07.09)
  7. 大林武 「共発現データベースATTED-II」 農林水産省 新農業展開ゲノムプロジェクト 重要形質領域;データベース講習会 (農林水産技術会議事務局電農館, 2009.07.02)
  8. 大林武 「遺伝子発現データ解析」 平成21年夏学期講義:医科学の為の生命情報学 (東京大学医科学研究所, 2009.04.23)
  9. 大林武 「世界の遺伝子共発現データベースの比較」 第50回日本植物生理学会年会関連集会:データベース講習会 (名古屋大学, 2009.03.21)
  10. 大林武 「共発現データベースCOXPRESの利用法」 Webサービス利用法講習会 (東京大学医科学研究所, 2008.06.05)
  11. 大林武 「遺伝子発現データ解析」 平成20年夏学期講義:医科学の為の生命情報学 (東京大学医科学研究所, 2008.04.25)
  12. 大林武 「共発現データベースCOXPRESの利用法」 Webサービス利用法講習会 (東京大学医科学研究所, 2007.05.22)
  13. 大林武 「シロイヌナズナの共発現遺伝子データベースATTED-II」 第48回日本植物生理学会年会関連集会:植物データベース講習会 (愛媛大学, 2007.03.28)
  14. 大林武 「シロイヌナズナのcis-elementおよび遺伝子発現相関データベースATTED-II」 第47回日本植物生理学会年会関連集会:第3回データベース講習会 (つくば大学, 2006.03.18)
  15. 大林武 「ATTED」 第46回日本植物生理学会年会関連集会:第2回データベース講習会 (朱鷺メッセ, 2005.03.26)
  16. 大林武、太田啓之 「シロイヌナズナのDNAアレイデータベースATTED」 データベース講習会 (東京大学農学部2号館, 2005.03.04)
  17. 大林武 「マイクロアレイデータ処理」 日本光合成研究会ワークショップ:光合成研究者にもわかる・役立つバイオインフォマティックス (埼玉大学, 2003.03.24)

Educational

教育活動

  • 講義
    • 学部2年 計算機学 (15コマ): 2012 - current
    • 学部3年 生命システム情報学 (4コマ): 2014 - current
    • 学部4年 システム生理学 (2コマ): 2014 - current
    • 大学院 生命情報システム科学 (4コマ): 2013 - current
    • 留学生 Basic Computer Science (3コマ): 2013 - current
  • 演習・実習
    • 高校生 科学者の卵養成講座 (30時間程度): 2014 - current YouTube 宮城の新聞
    • 高校生 日英サイエンスワークショップ (30時間程度): 2014, 2016
    • 学部1年 基礎ゼミ (6コマ): 2012, 2014, 2016
    • 学部1年 創造工学研修 (15コマ) : 2010 - 2014
    • 学部2年 プログラミング演習A (30コマ): 2010, 2011
    • 学部2年 電気情報物理工学実験A : 2015 - current
    • 学部2-3年 アドバンス創造工学研修(15コマ): 2012 - 2015
  • 非常勤講師
    • 北海道大学理学部 生物学特別講義 (集中講義2日間): 2016
    • 東京工業大学大学院生命理工学研究科 バイオインフォマティクス (1コマ): 2012 - 2015
    • 東京大学大学院新領域創成科学研究科 (1コマ): 2015
    • 東京大学農学部 (1コマ): 2013
    • 名古屋大学大学院生命農学研究科 ゲノム解析基礎演習 (集中講義2日間): 2012
  • 学内委員
    • 学科:オープンキャンパス実行委員: 2013 - 2016
    • 学科:理数学生支援プロジェクトWG: 2012 - 2016
    • 大学院:学術振興・広報委員: 2015 - current
    • 大学院:研究企画委員: 2016 - current
    • 大学院:ニュースレター編集委員: 2015 - current
    • 大学院:研究科シンポジウムWG: 2016 (WG長) http://www.is.tohoku.ac.jp/sympo/
    • 大学院:研究科HP改定WG: 2014
    • 大学院:SGU「データ科学国際共同大学院」カリキュラム検討WG: 2015
    • 大学院:同窓会幹事: 2012, 2013
    • 全学:囲碁部副顧問: 2011 -

アウトリーチ (3)

  1. 大林武 「情報工学が駆動する生命科学」 東北大学工学部電気情報物理工学科模擬授業 (群馬県立中央中等教育学校, 2016.12.08)
  2. 大林武 「ゲノムの国の物語 ~解き明かされる遺伝情報の流れ~」 IATサイエンス教室:最先端の研究はこんなに面白い (盛岡市おでってホール, 2014.03.23) YouTube
  3. 大林武 「サイエンス・カクテル」 エフエムみしま・かんなみ (2010.10.27)

Budgets

研究費 (12)

  • 現在
    1. 「植物の遺伝子共発現データベースATTED-II」 科研費・研究成果公開促進費(2016~2018年度) 研究課題番号: 16HP7003 (代表 10500千円)
    2. 「組織横断型遺伝子共発現法を用いた細胞間コミュニケーション解析」 科研費・若手研究B(2015~2017年度) 研究課題番号: 15K18464 (代表 3300千円)
    3. 「セルロースを繋ぎ換える新規酵素の発見に基づく細胞壁モデルの再考と新規機能解明」 科研費・基盤研究B(2017~2020年度) 研究課題番号: 17H03691 (分担)
  • 過去
    1. 「植物栄養細胞をモデルとした藻類脂質生産系の戦略的構築」 CREST「藻類・水圏微生物の機能解明と制御によるバイオエネルギー創成のための基盤技術の創出」研究領域 (2011~2016年度) 研究課題番号: 11102558 (分担 32815千円)
    2. 「情報処理空間としての細胞壁高次構造の構築と動態制御」 科研費・新学術領域研究「植物細胞壁の情報処理システム」・計画班(2012~2016年度) 研究課題番号: 24114005 (分担 14100千円)
    3. 「植物細胞壁の情報処理システム」 科研費・新学術領域研究「植物細胞壁の情報処理システム」・総括班(2012~2016年度) 研究課題番号: 24114001 (分担 3800千円)
    4. 「植物の遺伝子共発現データベースATTED-II」 科研費・研究成果公開促進費(2015年度) 研究課題番号: 15HP8044 (代表 3400千円)
    5. 「植物の遺伝子共発現データベースATTED-II」 科研費・研究成果公開促進費(2012~2014年度) 研究課題番号: 247005 (代表 10900千円)
    6. 「植物の遺伝子共発現データベースATTED-II」 科研費・研究成果公開促進費(2011年度) 研究課題番号: 238052 (代表 5100千円)
    7. 「植物の遺伝子共発現データベースATTED-II」 科研費・研究成果公開促進費(2010年度) 研究課題番号: 228063 (代表 5100千円)
    8. 「シロイヌナズナの遺伝子共発現データベースATTED-IIIの構築」 科研費・若手研究B(2009~2010年度) 研究課題番号: 21770035 (代表 3400千円)
    9. 「ヒトの組織別遺伝子共発現データの構築とデータベース公開」 東京大学グローバルCOE「ゲノム情報に基づく先端医療の教育拠点」2008年度若手研究支援者プログラム (代表 2000千円)