cis table

List of 304 heptamer cis elements (ordered by the result of hierarchical clustering with these CEG profiles).

last update; Sep 29, 2005

Heptamers with max abs CEG > 0.06 were selected, corresponding p < 5e-12 under a randam model with multiple tests.

cis	maxCEG	position	# of appearance near the postition
`GGCCTTA`	0.061	86	138
`GGGCCTA`	0.070	94	257
`TATGGGC`	0.068	92	2889
`TATTGGG`	0.068	109	7079
`GGGCCTT`	0.069	96	257
`TTGGGCT`	0.072	80	3467
`TGGGCCG`	0.061	89	1344
`CCCATTA`	0.076	81	5265
`TAATGGG`	0.069	89	7837
`AGGCCCA`	0.111	86	1322
`GGCCCAT`	0.105	83	1948
`AAGCCCA`	0.097	84	2602
`GCCCATT`	0.103	89	2555
`TGGGCTT`	0.094	92	2837
`AGCCCAA`	0.072	76	1385
`AAAGCCC`	0.068	78	6223
`AGCCCAT`	0.087	92	1951
`ATGGGCT`	0.083	100	2852
`GGGCTTT`	0.069	90	298
`TAGGCCC`	0.081	89	262
`GCCCAAA`	0.071	78	419
`GCCCATA`	0.076	81	1842
`ATTGGGC`	0.093	99	4525
`TTGGGCC`	0.094	98	3288
`TGGGCCT`	0.102	96	1929
`AATGGGC`	0.090	88	4681
`ATGGGCC`	0.086	87	2411
`AAGGCCC`	0.081	84	2226
`GCCCAAT`	0.078	74	1080
`GGCCCAA`	0.086	62	1024
`AAACCCT`	0.143	20	5897
`AACCCTA`	0.135	20	3174
`ACCCTAA`	0.106	29	2469
`AGGGTTT`	0.099	33	359
`TAGGGTT`	0.093	33	308
`GCGGGAA`	0.060	56	415
`TAAAACC`	0.062	28	3348
`CTTAAAC`	0.063	21	443
`TTAAACC`	0.083	20	2053
`GGGTTTT`	0.076	19	258
`TTAGGGT`	0.071	39	3281
`CCCTAAA`	0.083	28	228
`TAAACCC`	0.100	22	6869
`AAAACCC`	0.092	41	20988
`ACCCTAG`	0.087	20	2298
`CCCTAAT`	0.068	15	464
`CTAGGGT`	0.065	44	101
`ACGCGTC`	0.072	90	100
`CGCGTCA`	0.073	193	100
`CCGCGTT`	0.100	17	100
`CGCGTTT`	0.110	93	100
`AACCGCG`	0.085	85	4860
`ACCGCGT`	0.104	98	1231
`ACGCGTA`	0.103	74	100
`ACGCGGT`	0.093	141	100
`AACGCGT`	0.102	127	2058
`ACGCGTT`	0.105	96	101
`AACCGTG`	0.069	113	5643
`CCGTGTG`	0.074	70	1346
`CGCCCCT`	0.065	86	593
`TTACGCG`	0.071	194	4103
`CCTTCCT`	0.062	48	1920
`GCGTATG`	0.062	53	310
`AACGCGC`	0.060	96	2036
`TAACGCG`	0.067	62	4039
`AAACGCG`	0.074	149	9258
`AGCTGTT`	0.068	127	2149
`AAAAGTC`	0.078	170	29597
`AAAGTCA`	0.076	184	10132
`CCACACG`	0.063	38	812
`ACCTTCC`	0.064	79	2579
`ACTTCCT`	0.063	96	2383
`CCGAGCG`	0.081	107	1693
`CTTTCCT`	0.063	47	3770
`TCTTTCC`	0.062	38	11871
`TCCTTCT`	0.062	73	3881
`TTCCTCT`	0.062	95	4465
`TTACCCC`	0.069	182	3132
`CATCCCG`	0.066	106	2085
`CATGCTC`	0.078	44	1324
`ACAGCTG`	0.074	144	1921
`CAGCTGT`	0.084	171	101
`CCTCTCT`	0.062	57	3309
`CTCTCTT`	0.071	17	6428
`AAGCGCG`	0.067	73	3357
`ACGCGCT`	0.090	111	102
`CCGCGTA`	0.071	200	100
`CGCGTAA`	0.069	199	100
`CGCGGTT`	0.068	16	100
`CGACGCG`	0.063	101	1489
`GACGCGT`	0.063	22	100
`CGTCCCG`	0.108	129	1005
`TTCACAC`	0.063	66	3536
`TACGCGC`	0.062	56	981
`AATCCCA`	0.062	8	2407
`ATACGCG`	0.060	39	3147
`TACGCGG`	0.063	53	994
`CTGCCGA`	0.081	1	393
`GGACGGC`	0.072	72	1321
`GCCGCGG`	0.093	175	498
`CGTGTTT`	0.061	87	3050
`CGCGTTC`	0.064	177	100
`ACGCGGA`	0.070	116	100
`TCCGCGT`	0.073	156	100
`CTCTATA`	0.103	7	918
`CTATATA`	0.139	4	1488
`TCTATAT`	0.110	1	2655
`ATAAATA`	0.088	17	4931
`CTATAAA`	0.096	63	734
`TATAAAT`	0.105	18	2451
`ATATATA`	0.103	26	4874
`TATATAT`	0.101	26	10393
`ATATAAA`	0.087	2	868
`TATATAA`	0.115	1	5565
`TGACTTT`	0.077	75	4072
`TTGACTT`	0.089	83	4571
`AAGTCAA`	0.078	125	2518
`AGTCAAC`	0.070	80	448
`AGCCGCC`	0.064	123	2069
`GCCGCCT`	0.071	106	493
`GACTTTT`	0.078	142	3402
`GTTGACT`	0.062	91	835
`TTGACCA`	0.065	103	3632
`ACTTTGA`	0.063	92	5833
`TTTGACT`	0.084	97	1898
`TCCTATA`	0.064	55	778
`CCTATAA`	0.071	18	2053
`TAAATAC`	0.062	36	13678
`TCTCTAT`	0.069	10	5430
`CACTATA`	0.069	4	560
`CCTCTAT`	0.063	6	1972
`TATATAG`	0.060	25	8523
`TAAATAG`	0.069	2	7607
`GTCTATA`	0.071	2	355
`TCTATAA`	0.072	4	2393
`AATAATT`	0.069	112	7649
`TATAAAC`	0.077	14	1132
`TATAAAA`	0.063	66	937
`TTCTATA`	0.064	30	1398
`GCGGCGC`	0.079	87	284
`ACATGCA`	0.060	41	3671
`ACCCCAC`	0.062	72	1494
`CCCCAGG`	0.081	14	416
`CTGGCCG`	0.076	104	580
`CTTATCC`	0.111	53	4866
`TTATCCA`	0.101	54	4798
`CTTATCT`	0.084	21	3855
`TCTTATC`	0.088	23	1613
`GATAAGA`	0.071	42	1250
`AGATAAG`	0.085	38	553
`GATAAGG`	0.074	39	1360
`CCTTATC`	0.101	17	725
`TATCCAC`	0.074	53	2031
`TGGATAA`	0.066	12	1670
`TAGCCAC`	0.066	59	826
`AAGATAA`	0.061	41	10151
`ATCTTAT`	0.068	23	5042
`CGGATAA`	0.061	38	1487
`GGATAAG`	0.064	89	255
`CCACACA`	0.074	53	689
`ATCCACA`	0.062	53	871
`ACCTTAT`	0.064	60	2553
`AGCCACA`	0.061	53	478
`AAATATC`	0.145	77	6508
`AATATCT`	0.136	80	13683
`AAGATAT`	0.067	50	10074
`AGATATT`	0.105	28	1559
`GATATTT`	0.104	49	4726
`CCACGTG`	0.079	72	3206
`GCCACGT`	0.080	70	1668
`ACGTGTC`	0.113	84	3458
`CACGTGT`	0.118	92	3077
`ACACGTG`	0.109	62	4235
`GACACGT`	0.088	76	2341
`CACGTGG`	0.093	112	2552
`ACGTGGC`	0.093	104	2773
`CGTGGCA`	0.081	110	1455
`ATATCTT`	0.074	79	7249
`AAAATAT`	0.070	118	34589
`ATATCTA`	0.078	89	6599
`CAACCTC`	0.064	12	2018
`CGGTAGG`	0.065	16	154
`GCGTGTT`	0.063	162	974
`GTAGGCA`	0.064	181	1607
`GTCGACA`	0.077	171	233
`TGTCGAC`	0.077	160	2184
`ACCGTGT`	0.072	144	2488
`CCGTGTT`	0.082	145	1230
`CCGACAT`	0.074	88	1191
`GCCGACA`	0.075	121	161
`CACCGAC`	0.067	198	102
`TGCCGAC`	0.082	30	100
`ATGTCGG`	0.074	111	2413
`GTCGGTC`	0.068	175	100
`GGCCGAC`	0.072	143	100
`GTCGGTA`	0.062	189	100
`ACCGACA`	0.071	81	545
`GTCGGCA`	0.066	186	104
`TGTCGGC`	0.064	163	2385
`CCACCTG`	0.082	134	1903
`CCGTAGC`	0.066	189	257
`GCCGACC`	0.073	81	184
`AACCGAC`	0.075	26	4061
`ACCGACT`	0.073	43	590
`CACGCGG`	0.068	40	1096
`CACGCGT`	0.066	74	1157
`CCGACCT`	0.069	86	1386
`AACACGT`	0.074	94	6319
`AACGTGT`	0.072	90	4118
`CGTCACA`	0.072	131	320
`TCCCTAT`	0.060	43	2602
`AAACGTG`	0.066	95	10603
`ACACGTT`	0.063	33	4284
`CACACGT`	0.065	70	3513
`TATCGCG`	0.062	200	3344
`CGTGTCC`	0.078	82	2410
`CTCGACA`	0.062	103	236
`TCGACAC`	0.074	74	1271
`CGTGTCA`	0.077	89	2342
`ACGTGTA`	0.061	82	3145
`TACACGT`	0.086	112	3437
`CACGTAC`	0.062	191	1360
`CCACGTA`	0.065	143	2307
`TACGTGT`	0.062	98	2203
`TTACACG`	0.061	113	1258
`AGACACG`	0.072	112	893
`CGCCACG`	0.062	129	270
`TCTAGAA`	0.154	80	3256
`CTTCTAG`	0.101	90	3989
`TTCTAGA`	0.111	88	1130
`CGTGCGG`	0.062	65	871
`CTAGAAC`	0.107	38	173
`CTCTGGA`	0.076	71	6479
`TAGAACC`	0.074	83	1121
`TCTGGAA`	0.066	20	2006
`GGAACGC`	0.061	101	2459
`GGCCTTT`	0.063	146	111
`CTAGAAG`	0.062	41	249
`TTCTGGA`	0.070	82	5950
`TCTCGAA`	0.064	40	5609
`TCTCTAG`	0.073	84	5140
`CTCTAGA`	0.098	83	828
`GCGAAGG`	0.086	79	307
`CCAGAAC`	0.061	114	178
`TCCAGAA`	0.073	104	3642
`GCTGTAC`	0.069	17	843
`CCCTGGG`	0.061	113	1370
`CTCCAGA`	0.072	54	925
`ACTCCTG`	0.063	56	2110
`GCCACGG`	0.063	150	1331
`CAAGCGC`	0.068	23	1584
`CCAAGCG`	0.065	70	5795
`GAAGGCT`	0.074	24	3939
`GTTCCCG`	0.061	195	1475
`GTCGGTT`	0.063	95	100
`CGAGCAG`	0.074	19	648
`GTTCGGG`	0.068	139	1936
`CATGCAT`	0.066	43	1097
`ATGCATG`	0.079	56	835
`GCATGCA`	0.065	50	1426
`TGCATGC`	0.080	49	2498
`CCTGGGG`	0.076	41	884
`CTCGGTG`	0.067	96	1171
`GCCATGC`	0.068	17	1551
`CATGCAA`	0.094	86	1113
`CCATGCA`	0.079	62	2794
`CTCATGC`	0.061	77	4480
`TGCATGT`	0.068	60	2550
`CATGTCA`	0.075	33	1857
`GCATGTC`	0.063	63	1574
`CTCTCTC`	0.060	74	4838
`TCTCTCT`	0.069	46	11330
`CACTCCA`	0.062	4	968
`AACAGCA`	0.061	4	4354
`GCGTTCG`	0.069	94	1257
`ACTCCGC`	0.079	117	1715
`CTCCGCG`	0.066	100	1830
`CAGCATG`	0.073	9	323
`CCGTGGG`	0.061	171	1022
`GCATGGA`	0.067	48	1483
`CCGTGCA`	0.068	52	1176
`GTGCACG`	0.062	18	121
`GCATGAC`	0.078	79	1310
`TTGCATG`	0.061	74	978
`CCCTGGC`	0.086	153	1236
`ACCCGCG`	0.079	9	1295
`CCCGCGG`	0.075	14	409
`CCGCACT`	0.082	124	113
`GCTTGCA`	0.068	18	1874
`GGGGCCG`	0.070	150	449
`CCCCCCC`	0.064	1	547
`CCGCACG`	0.063	196	126
`GACCAGG`	0.064	1	290
`CCGCATG`	0.068	15	132
`GGTACCC`	0.081	146	1335
`TCACTCC`	0.067	3	2713
`AACCTTC`	0.067	35	6696
`GAACCTT`	0.066	50	2268
`CGTACAC`	0.061	3	422
`TCATGCA`	0.063	133	4125
`GCCCCCG`	0.076	119	2022
`GCATGGG`	0.065	190	1723
`ACCTACC`	0.068	29	389
`GGCCCCC`	0.075	119	1585

[Home] [Search] [Tool] [Browsing] [Download] [Help] [Publication] [Statistics] [Logs] [Links]