ATTED-II

ver. 8.0

last update; Aug. 19. 2006

List of 304 heptamer cis elements (ordered by the result of hierarchical clustering with these CEG profiles)

Heptamers with max abs CEG > 0.06 were selected, corresponding p < 5e-12 under a randam model with multiple tests.

cis
[sort]
MaxCEG
[sort]
Appropriate
position
(± 40 bp)
[sort]
PLACE
correspondence
[sort]
Associated
Function
[sort]
Predicted
TF
(|r| > 0.5)
[sort]
GGCCTTA 0.061 86 8
GGGCCTA 0.070 94 1 2 10
TATGGGC 0.068 92 8
TATTGGG 0.068 109 2 9
GGGCCTT 0.069 96 1 7
TTGGGCT 0.072 80 1 4 7
TGGGCCG 0.061 89 2 8
CCCATTA 0.076 81 4 6
TAATGGG 0.069 89 1 3 10
AGGCCCA 0.111 86 6 10
GGCCCAT 0.105 83 1 5 9
AAGCCCA 0.097 84 1 6 9
GCCCATT 0.103 89 6 10
TGGGCTT 0.094 92 1 6 10
AGCCCAA 0.072 76 1 3 10
AAAGCCC 0.068 78 1 4 8
AGCCCAT 0.087 92 6 8
ATGGGCT 0.083 100 1 3 10
GGGCTTT 0.069 90 3 9
TAGGCCC 0.081 89 3 7
GCCCAAA 0.071 78 1 3 11
GCCCATA 0.076 81 5 7
ATTGGGC 0.093 99 5 10
TTGGGCC 0.094 98 2 6 11
TGGGCCT 0.102 96 2 4 8
AATGGGC 0.090 88 1 3 9
ATGGGCC 0.086 87 3 4 10
AAGGCCC 0.081 84 5 11
GCCCAAT 0.078 74 2 6 13
GGCCCAA 0.086 62 1 4 9
AAACCCT 0.143 20 2 7 11
AACCCTA 0.135 20 2 8 10
ACCCTAA 0.106 29 1 6 10
AGGGTTT 0.099 33 6 9
TAGGGTT 0.093 33 6 8
GCGGGAA 0.060 56 1 11
TAAAACC 0.062 28 3
CTTAAAC 0.063 21 5
TTAAACC 0.083 20 11
GGGTTTT 0.076 19 4 9
TTAGGGT 0.071 39 4 8
CCCTAAA 0.083 28 11
TAAACCC 0.100 22 10
AAAACCC 0.092 41 4 10
ACCCTAG 0.087 20 4 12
CCCTAAT 0.068 15 3 10
CTAGGGT 0.065 44 5 10
ACGCGTC 0.072 90 29
CGCGTCA 0.073 193 30
CCGCGTT 0.100 17 25
CGCGTTT 0.110 93 34
AACCGCG 0.085 85 34
ACCGCGT 0.104 98 35
ACGCGTA 0.103 74 27
ACGCGGT 0.093 141 29
AACGCGT 0.102 127 1 28
ACGCGTT 0.105 96 36
AACCGTG 0.069 113 10
CCGTGTG 0.074 70 14
CGCCCCT 0.065 86 21
TTACGCG 0.071 194 38
CCTTCCT 0.062 48 26
GCGTATG 0.062 53 34
AACGCGC 0.060 96 20
TAACGCG 0.067 62 29
AAACGCG 0.074 149 25
AGCTGTT 0.068 127 23
AAAAGTC 0.078 170 1 35
AAAGTCA 0.076 184 1 36
CCACACG 0.063 38 18
ACCTTCC 0.064 79 31
ACTTCCT 0.063 96 24
CCGAGCG 0.081 107 16
CTTTCCT 0.063 47 1 31
TCTTTCC 0.062 38 31
TCCTTCT 0.062 73 31
TTCCTCT 0.062 95 18
TTACCCC 0.069 182 19
CATCCCG 0.066 106 28
CATGCTC 0.078 44 15
ACAGCTG 0.074 144 3
CAGCTGT 0.084 171 8
CCTCTCT 0.062 57 26
CTCTCTT 0.071 17 2 7
AAGCGCG 0.067 73 6
ACGCGCT 0.090 111 26
CCGCGTA 0.071 200 29
CGCGTAA 0.069 199 26
CGCGGTT 0.068 16 27
CGACGCG 0.063 101 1 35
GACGCGT 0.063 22 1 27
CGTCCCG 0.108 129 7
TTCACAC 0.063 66 6
TACGCGC 0.062 56 5
AATCCCA 0.062 8 22
ATACGCG 0.060 39 26
TACGCGG 0.063 53 24
CTGCCGA 0.081 1 21
GGACGGC 0.072 72 11
GCCGCGG 0.093 175 12
CGTGTTT 0.061 87 10
CGCGTTC 0.064 177 24
ACGCGGA 0.070 116 1 3 14
TCCGCGT 0.073 156 1 3 16
CTCTATA 0.103 7 1 16
CTATATA 0.139 4 1 9
TCTATAT 0.110 1 9
ATAAATA 0.088 17 5 5
CTATAAA 0.096 63 1 1 7
TATAAAT 0.105 18 3 8
ATATATA 0.103 26 1 15
TATATAT 0.101 26 1 16
ATATAAA 0.087 2 2 4
TATATAA 0.115 1 3 1 8
TGACTTT 0.077 75 5 36
TTGACTT 0.089 83 5 25
AAGTCAA 0.078 125 30
AGTCAAC 0.070 80 1 15
AGCCGCC 0.064 123 4 6
GCCGCCT 0.071 106 1 15
GACTTTT 0.078 142 19
GTTGACT 0.062 91 4 6
TTGACCA 0.065 103 4 31
ACTTTGA 0.063 92 1 12
TTTGACT 0.084 97 6 20
TCCTATA 0.064 55 8
CCTATAA 0.071 18 6
TAAATAC 0.062 36 1 1
TCTCTAT 0.069 10 3
CACTATA 0.069 4 1
CCTCTAT 0.063 6 4
TATATAG 0.060 25 1
TAAATAG 0.069 2 3
GTCTATA 0.071 2 11
TCTATAA 0.072 4 5
AATAATT 0.069 112 5 20
TATAAAC 0.077 14 11
TATAAAA 0.063 66 2 2
TTCTATA 0.064 30 12
GCGGCGC 0.079 87 6
ACATGCA 0.060 41 1 15
ACCCCAC 0.062 72 21
CCCCAGG 0.081 14 1
CTGGCCG 0.076 104 1 3
CTTATCC 0.111 53 1 30
TTATCCA 0.101 54 2 27
CTTATCT 0.084 21 1 32
TCTTATC 0.088 23 1 25
GATAAGA 0.071 42 4 27
AGATAAG 0.085 38 3 30
GATAAGG 0.074 39 4 29
CCTTATC 0.101 17 1 38
TATCCAC 0.074 53 3 35
TGGATAA 0.066 12 3 48
TAGCCAC 0.066 59 1 20
AAGATAA 0.061 41 2 23
ATCTTAT 0.068 23 1 25
CGGATAA 0.061 38 4 22
GGATAAG 0.064 89 4 18
CCACACA 0.074 53 24
ATCCACA 0.062 53 29
ACCTTAT 0.064 60 23
AGCCACA 0.061 53 1 31
AAATATC 0.145 77 1 9
AATATCT 0.136 80 1 9
AAGATAT 0.067 50 1 6
AGATATT 0.105 28 2 9
GATATTT 0.104 49 2 9
CCACGTG 0.079 72 14 5
GCCACGT 0.080 70 7 1 5
ACGTGTC 0.113 84 10 16
CACGTGT 0.118 92 6 18
ACACGTG 0.109 62 6 12
GACACGT 0.088 76 4 1 4
CACGTGG 0.093 112 16 2 5
ACGTGGC 0.093 104 23 2 4
CGTGGCA 0.081 110 3 6
ATATCTT 0.074 79 7
AAAATAT 0.070 118 2 8
ATATCTA 0.078 89 8
CAACCTC 0.064 12
CGGTAGG 0.065 16 1
GCGTGTT 0.063 162 7
GTAGGCA 0.064 181
GTCGACA 0.077 171 1
TGTCGAC 0.077 160 1 1
ACCGTGT 0.072 144 7
CCGTGTT 0.082 145 6
CCGACAT 0.074 88 2 2
GCCGACA 0.075 121 2 6
CACCGAC 0.067 198 3 1
TGCCGAC 0.082 30 2 4
ATGTCGG 0.074 111 6
GTCGGTC 0.068 175 3
GGCCGAC 0.072 143 2
GTCGGTA 0.062 189 11
ACCGACA 0.071 81 5 1
GTCGGCA 0.066 186
TGTCGGC 0.064 163
CCACCTG 0.082 134 1 26
CCGTAGC 0.066 189 12
GCCGACC 0.073 81 2 16
AACCGAC 0.075 26 3 7
ACCGACT 0.073 43 3 6
CACGCGG 0.068 40 1 23
CACGCGT 0.066 74 13
CCGACCT 0.069 86 1 6
AACACGT 0.074 94 1 19
AACGTGT 0.072 90 6 20
CGTCACA 0.072 131 13
TCCCTAT 0.060 43
AAACGTG 0.066 95 4
ACACGTT 0.063 33 1 12
CACACGT 0.065 70 2 7
TATCGCG 0.062 200 3
CGTGTCC 0.078 82 2 17
CTCGACA 0.062 103 9
TCGACAC 0.074 74 11
CGTGTCA 0.077 89 15
ACGTGTA 0.061 82 3 18
TACACGT 0.086 112 1 6
CACGTAC 0.062 191 4 1
CCACGTA 0.065 143 4 8
TACGTGT 0.062 98 6 18
TTACACG 0.061 113 13
AGACACG 0.072 112 1 16
CGCCACG 0.062 129 3 24
TCTAGAA 0.154 80 11
CTTCTAG 0.101 90 1 11
TTCTAGA 0.111 88 12
CGTGCGG 0.062 65 11
CTAGAAC 0.107 38 1 4
CTCTGGA 0.076 71 10
TAGAACC 0.074 83 7
TCTGGAA 0.066 20 15
GGAACGC 0.061 101
GGCCTTT 0.063 146 3
CTAGAAG 0.062 41 1 5
TTCTGGA 0.070 82 6
TCTCGAA 0.064 40 6
TCTCTAG 0.073 84 9
CTCTAGA 0.098 83 7
GCGAAGG 0.086 79 1
CCAGAAC 0.061 114 3
TCCAGAA 0.073 104 11
GCTGTAC 0.069 17 1 8
CCCTGGG 0.061 113 10
CTCCAGA 0.072 54 12
ACTCCTG 0.063 56 9
GCCACGG 0.063 150 1 2
CAAGCGC 0.068 23 1
CCAAGCG 0.065 70
GAAGGCT 0.074 24 5
GTTCCCG 0.061 195 6
GTCGGTT 0.063 95 5
CGAGCAG 0.074 19
GTTCGGG 0.068 139 3
CATGCAT 0.066 43 9
ATGCATG 0.079 56 2 1
GCATGCA 0.065 50 2
TGCATGC 0.080 49 1
CCTGGGG 0.076 41 14
CTCGGTG 0.067 96 19
GCCATGC 0.068 17 1 3
CATGCAA 0.094 86 2 1
CCATGCA 0.079 62 6
CTCATGC 0.061 77
TGCATGT 0.068 60
CATGTCA 0.075 33
GCATGTC 0.063 63
CTCTCTC 0.060 74 1
TCTCTCT 0.069 46 2 1
CACTCCA 0.062 4 1 2
AACAGCA 0.061 4 3
GCGTTCG 0.069 94 6
ACTCCGC 0.079 117 3
CTCCGCG 0.066 100 4
CAGCATG 0.073 9 4
CCGTGGG 0.061 171 4
GCATGGA 0.067 48
CCGTGCA 0.068 52
GTGCACG 0.062 18
GCATGAC 0.078 79 2
TTGCATG 0.061 74 1
CCCTGGC 0.086 153
ACCCGCG 0.079 9
CCCGCGG 0.075 14
CCGCACT 0.082 124 1
GCTTGCA 0.068 18
GGGGCCG 0.070 150 1
CCCCCCC 0.064 1 1
CCGCACG 0.063 196
GACCAGG 0.064 1
CCGCATG 0.068 15 2
GGTACCC 0.081 146 1 1
TCACTCC 0.067 3 1
AACCTTC 0.067 35 4
GAACCTT 0.066 50 7
CGTACAC 0.061 3 1
TCATGCA 0.063 133 1
GCCCCCG 0.076 119 2
GCATGGG 0.065 190
ACCTACC 0.068 29 7
GGCCCCC 0.075 119 3