ATTED-II

ver.12.0

last update; Aug. 19. 2006

List of 304 heptamer cis elements

Heptamers with max abs CEG > 0.06 were selected, corresponding p < 5e-12 under a randam model with multiple tests.

cis
[sort]		 MaxCEG
[sort]		 Appropriate
position
(± 40 bp)
[sort]		 PLACE
correspondence
[sort]		 Associated
Function
[sort]		 Predicted
TF
(|r| > 0.5)
[sort]
AAAACCC 0.092 41 4 10
AAAAGTC 0.078 170 1 35
AAAATAT 0.070 118 2 8
AAACCCT 0.143 20 2 7 11
AAACGCG 0.074 149 25
AAACGTG 0.066 95 4
AAAGCCC 0.068 78 1 4 8
AAAGTCA 0.076 184 1 36
AAATATC 0.145 77 1 9
AACACGT 0.074 94 1 19
AACAGCA 0.061 4 3
AACCCTA 0.135 20 2 8 10
AACCGAC 0.075 26 3 7
AACCGCG 0.085 85 34
AACCGTG 0.069 113 10
AACCTTC 0.067 35 4
AACGCGC 0.060 96 20
AACGCGT 0.102 127 1 28
AACGTGT 0.072 90 6 20
AAGATAA 0.061 41 2 23
AAGATAT 0.067 50 1 6
AAGCCCA 0.097 84 1 6 9
AAGCGCG 0.067 73 6
AAGGCCC 0.081 84 5 11
AAGTCAA 0.078 125 30
AATAATT 0.069 112 5 20
AATATCT 0.136 80 1 9
AATCCCA 0.062 8 22
AATGGGC 0.090 88 1 3 9
ACACGTG 0.109 62 6 12
ACACGTT 0.063 33 1 12
ACAGCTG 0.074 144 3
ACATGCA 0.060 41 1 15
ACCCCAC 0.062 72 21
ACCCGCG 0.079 9
ACCCTAA 0.106 29 1 6 10
ACCCTAG 0.087 20 4 12
ACCGACA 0.071 81 5 1
ACCGACT 0.073 43 3 6
ACCGCGT 0.104 98 35
ACCGTGT 0.072 144 7
ACCTACC 0.068 29 7
ACCTTAT 0.064 60 23
ACCTTCC 0.064 79 31
ACGCGCT 0.090 111 26
ACGCGGA 0.070 116 1 3 14
ACGCGGT 0.093 141 29
ACGCGTA 0.103 74 27
ACGCGTC 0.072 90 29
ACGCGTT 0.105 96 36
ACGTGGC 0.093 104 23 2 4
ACGTGTA 0.061 82 3 18
ACGTGTC 0.113 84 10 16
ACTCCGC 0.079 117 3
ACTCCTG 0.063 56 9
ACTTCCT 0.063 96 24
ACTTTGA 0.063 92 1 12
AGACACG 0.072 112 1 16
AGATAAG 0.085 38 3 30
AGATATT 0.105 28 2 9
AGCCACA 0.061 53 1 31
AGCCCAA 0.072 76 1 3 10
AGCCCAT 0.087 92 6 8
AGCCGCC 0.064 123 4 6
AGCTGTT 0.068 127 23
AGGCCCA 0.111 86 6 10
AGGGTTT 0.099 33 6 9
AGTCAAC 0.070 80 1 15
ATAAATA 0.088 17 5 5
ATACGCG 0.060 39 26
ATATAAA 0.087 2 2 4
ATATATA 0.103 26 1 15
ATATCTA 0.078 89 8
ATATCTT 0.074 79 7
ATCCACA 0.062 53 29
ATCTTAT 0.068 23 1 25
ATGCATG 0.079 56 2 1
ATGGGCC 0.086 87 3 4 10
ATGGGCT 0.083 100 1 3 10
ATGTCGG 0.074 111 6
ATTGGGC 0.093 99 5 10
CAACCTC 0.064 12
CAAGCGC 0.068 23 1
CACACGT 0.065 70 2 7
CACCGAC 0.067 198 3 1
CACGCGG 0.068 40 1 23
CACGCGT 0.066 74 13
CACGTAC 0.062 191 4 1
CACGTGG 0.093 112 16 2 5
CACGTGT 0.118 92 6 18
CACTATA 0.069 4 1
CACTCCA 0.062 4 1 2
CAGCATG 0.073 9 4
CAGCTGT 0.084 171 8
CATCCCG 0.066 106 28
CATGCAA 0.094 86 2 1
CATGCAT 0.066 43 9
CATGCTC 0.078 44 15
CATGTCA 0.075 33
CCAAGCG 0.065 70
CCACACA 0.074 53 24
CCACACG 0.063 38 18
CCACCTG 0.082 134 1 26
CCACGTA 0.065 143 4 8
CCACGTG 0.079 72 14 5
CCAGAAC 0.061 114 3
CCATGCA 0.079 62 6
CCCATTA 0.076 81 4 6
CCCCAGG 0.081 14 1
CCCCCCC 0.064 1 1
CCCGCGG 0.075 14
CCCTAAA 0.083 28 11
CCCTAAT 0.068 15 3 10
CCCTGGC 0.086 153
CCCTGGG 0.061 113 10
CCGACAT 0.074 88 2 2
CCGACCT 0.069 86 1 6
CCGAGCG 0.081 107 16
CCGCACG 0.063 196
CCGCACT 0.082 124 1
CCGCATG 0.068 15 2
CCGCGTA 0.071 200 29
CCGCGTT 0.100 17 25
CCGTAGC 0.066 189 12
CCGTGCA 0.068 52
CCGTGGG 0.061 171 4
CCGTGTG 0.074 70 14
CCGTGTT 0.082 145 6
CCTATAA 0.071 18 6
CCTCTAT 0.063 6 4
CCTCTCT 0.062 57 26
CCTGGGG 0.076 41 14
CCTTATC 0.101 17 1 38
CCTTCCT 0.062 48 26
CGACGCG 0.063 101 1 35
CGAGCAG 0.074 19
CGCCACG 0.062 129 3 24
CGCCCCT 0.065 86 21
CGCGGTT 0.068 16 27
CGCGTAA 0.069 199 26
CGCGTCA 0.073 193 30
CGCGTTC 0.064 177 24
CGCGTTT 0.110 93 34
CGGATAA 0.061 38 4 22
CGGTAGG 0.065 16 1
CGTACAC 0.061 3 1
CGTCACA 0.072 131 13
CGTCCCG 0.108 129 7
CGTGCGG 0.062 65 11
CGTGGCA 0.081 110 3 6
CGTGTCA 0.077 89 15
CGTGTCC 0.078 82 2 17
CGTGTTT 0.061 87 10
CTAGAAC 0.107 38 1 4
CTAGAAG 0.062 41 1 5
CTAGGGT 0.065 44 5 10
CTATAAA 0.096 63 1 1 7
CTATATA 0.139 4 1 9
CTCATGC 0.061 77
CTCCAGA 0.072 54 12
CTCCGCG 0.066 100 4
CTCGACA 0.062 103 9
CTCGGTG 0.067 96 19
CTCTAGA 0.098 83 7
CTCTATA 0.103 7 1 16
CTCTCTC 0.060 74 1
CTCTCTT 0.071 17 2 7
CTCTGGA 0.076 71 10
CTGCCGA 0.081 1 21
CTGGCCG 0.076 104 1 3
CTTAAAC 0.063 21 5
CTTATCC 0.111 53 1 30
CTTATCT 0.084 21 1 32
CTTCTAG 0.101 90 1 11
CTTTCCT 0.063 47 1 31
GAACCTT 0.066 50 7
GAAGGCT 0.074 24 5
GACACGT 0.088 76 4 1 4
GACCAGG 0.064 1
GACGCGT 0.063 22 1 27
GACTTTT 0.078 142 19
GATAAGA 0.071 42 4 27
GATAAGG 0.074 39 4 29
GATATTT 0.104 49 2 9
GCATGAC 0.078 79 2
GCATGCA 0.065 50 2
GCATGGA 0.067 48
GCATGGG 0.065 190
GCATGTC 0.063 63
GCCACGG 0.063 150 1 2
GCCACGT 0.080 70 7 1 5
GCCATGC 0.068 17 1 3
GCCCAAA 0.071 78 1 3 11
GCCCAAT 0.078 74 2 6 13
GCCCATA 0.076 81 5 7
GCCCATT 0.103 89 6 10
GCCCCCG 0.076 119 2
GCCGACA 0.075 121 2 6
GCCGACC 0.073 81 2 16
GCCGCCT 0.071 106 1 15
GCCGCGG 0.093 175 12
GCGAAGG 0.086 79 1
GCGGCGC 0.079 87 6
GCGGGAA 0.060 56 1 11
GCGTATG 0.062 53 34
GCGTGTT 0.063 162 7
GCGTTCG 0.069 94 6
GCTGTAC 0.069 17 1 8
GCTTGCA 0.068 18
GGAACGC 0.061 101
GGACGGC 0.072 72 11
GGATAAG 0.064 89 4 18
GGCCCAA 0.086 62 1 4 9
GGCCCAT 0.105 83 1 5 9
GGCCCCC 0.075 119 3
GGCCGAC 0.072 143 2
GGCCTTA 0.061 86 8
GGCCTTT 0.063 146 3
GGGCCTA 0.070 94 1 2 10
GGGCCTT 0.069 96 1 7
GGGCTTT 0.069 90 3 9
GGGGCCG 0.070 150 1
GGGTTTT 0.076 19 4 9
GGTACCC 0.081 146 1 1
GTAGGCA 0.064 181
GTCGACA 0.077 171 1
GTCGGCA 0.066 186
GTCGGTA 0.062 189 11
GTCGGTC 0.068 175 3
GTCGGTT 0.063 95 5
GTCTATA 0.071 2 11
GTGCACG 0.062 18
GTTCCCG 0.061 195 6
GTTCGGG 0.068 139 3
GTTGACT 0.062 91 4 6
TAAAACC 0.062 28 3
TAAACCC 0.100 22 10
TAAATAC 0.062 36 1 1
TAAATAG 0.069 2 3
TAACGCG 0.067 62 29
TAATGGG 0.069 89 1 3 10
TACACGT 0.086 112 1 6
TACGCGC 0.062 56 5
TACGCGG 0.063 53 24
TACGTGT 0.062 98 6 18
TAGAACC 0.074 83 7
TAGCCAC 0.066 59 1 20
TAGGCCC 0.081 89 3 7
TAGGGTT 0.093 33 6 8
TATAAAA 0.063 66 2 2
TATAAAC 0.077 14 11
TATAAAT 0.105 18 3 8
TATATAA 0.115 1 3 1 8
TATATAG 0.060 25 1
TATATAT 0.101 26 1 16
TATCCAC 0.074 53 3 35
TATCGCG 0.062 200 3
TATGGGC 0.068 92 8
TATTGGG 0.068 109 2 9
TCACTCC 0.067 3 1
TCATGCA 0.063 133 1
TCCAGAA 0.073 104 11
TCCCTAT 0.060 43
TCCGCGT 0.073 156 1 3 16
TCCTATA 0.064 55 8
TCCTTCT 0.062 73 31
TCGACAC 0.074 74 11
TCTAGAA 0.154 80 11
TCTATAA 0.072 4 5
TCTATAT 0.110 1 9
TCTCGAA 0.064 40 6
TCTCTAG 0.073 84 9
TCTCTAT 0.069 10 3
TCTCTCT 0.069 46 2 1
TCTGGAA 0.066 20 15
TCTTATC 0.088 23 1 25
TCTTTCC 0.062 38 31
TGACTTT 0.077 75 5 36
TGCATGC 0.080 49 1
TGCATGT 0.068 60
TGCCGAC 0.082 30 2 4
TGGATAA 0.066 12 3 48
TGGGCCG 0.061 89 2 8
TGGGCCT 0.102 96 2 4 8
TGGGCTT 0.094 92 1 6 10
TGTCGAC 0.077 160 1 1
TGTCGGC 0.064 163
TTAAACC 0.083 20 11
TTACACG 0.061 113 13
TTACCCC 0.069 182 19
TTACGCG 0.071 194 38
TTAGGGT 0.071 39 4 8
TTATCCA 0.101 54 2 27
TTCACAC 0.063 66 6
TTCCTCT 0.062 95 18
TTCTAGA 0.111 88 12
TTCTATA 0.064 30 12
TTCTGGA 0.070 82 6
TTGACCA 0.065 103 4 31
TTGACTT 0.089 83 5 25
TTGCATG 0.061 74 1
TTGGGCC 0.094 98 2 6 11
TTGGGCT 0.072 80 1 4 7
TTTGACT 0.084 97 6 20